С сентября 2019 года исполняет обязанности начальника Главного управления Государственной налоговой службы Одесской области.
В январе 2020 года НАБУ сообщило Чеботаревой о подозрении в предоставлении неправомерной выгоды должностному лицу (ч. 3 ст. 369 УК Украины).
По информации следствия, налоговик предложила руководителю структурного подразделения областной прокуратуры 25 тысяч долларов США ежемесячно. В благодарность за это прокурор должен был не препятствовать коррупционной деятельности сотрудников налоговой.
После объявления подозрения Наталья Чеботарева была уволена.
16 января Высший антикоррупционный суд Украины избрал ей меру пресечения в виде содержания под стражей и назначил залог в сумме 904 тысячи гривен. Уже 17 января Чеботарева внесла залог и вышла на свободу.